Los Guájares reciben su nombre del vocablo árabe Wa-run, que significa abrupto, escarpado, de difícil acceso. Faragüit, por otro lado, quiere decir jardín escondido; allí están la cabecera del municipio y el Ayuntamiento, y se sitúa por encima de Fondón y por debajo de Guájar Alto.
A orillas del río de la Toba, también llamado de la Sangre por las batallas que tuvieron lugar en sus orillas. Sus primeros pobladores parece que fueron almohades que vivían en alquerías, donde hoy están los cortijos de la Bernardilla y Guájar la Vieja.
Cuando la conquistaron los cristianos, en el siglo XV, se produjo una fragmentación ya que Faragüit fue entregada a Luis de Portocarrero, señor de Palma, y Fondón, más tarde, a Juan de Ulloa. La represión contra los moriscos, a cargo del marqués de Mondejar, resultó especialmente cruenta en esta zona pues muchos fueron pasados a cuchillo o despeñados por los tajos y los demás, expulsados. Más tarde se procedió a la repoblación de los lugares con colonos procedentes de otras regiones.
Lo más destacado de Los Guájares es El Castillejo, poblado fortificado almohade del siglo XIII del que se conservan numerosos elementos que han permitido su estudio. Estuvo habitado por gente humilde, agricultores y productores de seda, y en el siglo XVI los moriscos hicieron allí una mezquita.
En Guájar la Vieja hay restos de un poblado con necrópolis y en el llamado Tajo Fuerte, de una fortaleza árabe.